Костолиц с «Индиго» будто испарился

тут лучше поменять местами: Костолиц будто испарился с «Индиго»…

но, возможно, это (были) не все их силы

явно пропущено.

Она также позволила себе указать на ошибки, которые привели к тому, что группа обратила на себя внимание служб безопасности.

слишком бюрократически выглядит. Не знаю, как поменять первую часть, но вариант второй могу предложить:

 

… ошибки, из-за которых на группу обратили внимание (или группу заметили) службы безопасности (кстати, а их несколько, тех служб? Может, всё же служба безопасности, если речь идёт об одной станции?)

По лицу генерала невозможно было понять его отношение к полученной информации, он лишь кивнул

тут лучше вместо зпт. двоеточие. Или вообще переделать. Как вариант, можно так:

 

По лицу генерала невозможно было понять, как он относится к сказанному. Когда Эли закончила, он лишь кивнул...(дальше по тексту).

использовать вашего отца, как средство давления на вас.

тут зпт. не нужна.

что для вас важнее, отец или

вместо зпт. — двоеточие.

— Мама!

если тут знак прямой речи, то реплику и надо выносить в отдельный абзац. Но это необязательно: в данном случае прямую речь можно заменить на косвенную, просто заменив тире на кавычки.

Узнает ли она ее, как отнесется к новой внешности, захочет ли разговаривать.

стилистически выбивается из всего остального абзаца. Тут или вопрос пропущен, или имеет смысл переделать. Может, присоединить к предыдущему предложению, может, сделать так:

Её волновало всё: узнает ли она ее, как отнесется к новой внешности, захочет ли разговаривать…

(и в этом случае в конце предложения можно многоточие).

разные варианты встречи с Айн

лишнее. Да и предложение можно улучшить — сказать по-другому.

просто не могла себе представить.

тут можно заменить на «даже».

Радость встречи, смешалась с облегчением от законченных

зпт. не нужна.

тревога за жизнь Айн (-) с гордостью за ее самостоятельность, желание отшлепать (-) с желанием крепко обнять…

начала, было, Эли

обе зпт. не нужны.

не было никаких причин, для того

зпт. не нужна.

чтобы забрать Айн(,) как и не было у нее самой никаких прав решать за нее, где ей быть и что делать.

значит(,) она и вправду уже вовсе не ребенок и ей не нужны опекуны и защитники.

Единственное что, Вэй сказал тогда, давно

вот тут можно сделать так: «Правда, Вэй сказал тогда, давно:» Может, так лучше будет…

Почему это было так важно, найти ее первой?

вместо зпт — тире.

Если хейдаганцы найдут Айн, она никак не сможет им помешать забрать ее. Это (-) их проект, и они имеют на него полное право.

это лучше сделать одним предложением, объединив с помощью двоеточия.

До настоящего момента Эли ни разу не задумывалась, что будет, после того(,) как она найдет Айн,

в подчёркнутом зпт. не нужна. И лучше без зачёркнутого.

то, чего она так хотела(,) и поток эмоций схлынул,

Костолиц сказал, найдем Айн, можешь делать все

вместо первой зпт — двоеточие, вместо второй — тире.

слова Айн вернули Эли

тут лучше с заглавной буквы.

она удивленно посмотрела на девушку и сразу вспомнила, что та прекрасно считывает эмоции.

это лучше сделать отдельным предложением.

Отбросив неуместные сейчас самокопания, немного приведя мысли в порядок

зпт. лучше заменить на «и».

Айн подавила вздох, — но теперь я больше

тут лучше точку (или двоеточие) и с заглавной буквы.

но теперь я больше не вижу образов в твоей голове, и ни у кого из полукровок.

подчёркнутое лучше сказать по-другому.

осталось только желание

осталИсь.

Она похудела и стала выглядеть еще более хрупкой, чем раньше. Черты лица заострились, а волосы отросли до плеч

это лучше сделать одним предложением.

я никому не говорила,

с заглавной буквы.

Сначала это было что-то темное и страшное(,) потом (-) огромное и холодное белое

А еще (-) люди, места и существа, которых я никогда не видела.

Они везде(,) и я в них…

Айн подняла руку и посмотрела на ладонь. Поиграла пальцами, будто перебирая невидимые нити.

это лучше одним предложением сделать.

не понятно, где одно становится другим…

подчёркнутое слитно.

От резкой перемены в голосе Айн Эли вздрогнула

тут лучше имя заменить на местоимение: От резкой перемены в её голосе…

С исчезновением Вэя, как оказалось, ничего.

вместо второй зпт. лучше тире.

как она получила возможность, наконец, быть самой собой

обе зпт. не нужны.

Жить одной лишь верой Вэю было невыносимо трудно. Не жить — после того, как она получила возможность, наконец, быть самой собой — неправильно.

это можно по смыслу объединить в одно предложение, использовав зпт. или точку с зпт.

Айн может быть тем якорем, что удержит ее здесь

может, тут больше подойдёт «могла бы стать»?

если мне позволят, и если ты действительно этого хочешь.

зпт. не нужна.

день получился длинный и богатый на новости, большая часть которых шокировала

это лучше сделать отдельным предложением.

наконец-то устало расположился на кровати

не слишком ли сложно сказано?

во что он(,) даже увидев собственными глазами, все никак не мог поверить.

Сначала он думал, (что) это усталый мозг подкинул ему такую галлюцинацию.

явно пропущено.

Но нет. Девушка существовала на самом деле и действительно творила все те вещи, в которых ему призналась.

это лучше сделать одним предложением, использовав двоеточие.

Дальше, рано утром на связь

лучше «Затем» и без зпт.

а через пару часов, хейдаганцы.

вместо зпт. — тире.

Сначала (-) полукровка, назвавшаяся Эли Грей,

Он не сомневался, что ключ к такой бешеной популярности Айн — ее способности. Сомневался лишь в том, кому разрешить встречу с ней.

это лучше одним предложением сделать.

не смотря на то

подчёркнутое слитно.

но хейдаганцам в свете заключенного союза, отказать было никак нельзя.

зпт. не нужна.

когда Айн назвала Грей мамой, увидев на экране комма.

тут лучше переставить местами:

… когда Айн, увидев Грей на экране комма, назвала её мамой. И мамой имеет смысл взять в кавычки.

И последняя новость, которая окончательно сделала день, это развал Альянса, объединение Спарты и Александрии в Новый альянс и армада, которая движется сюда, чтобы уничтожить их всех.

Это лучше сказать по-другому. Как вариант:

 

Последней новостью, окончательно «сделавшей день», стало известие о развале Альянса, объединении Спарты и Александрии в Новый альянс и движущейся к Амалькаре армаде.

Или как-то в похожем духе: «новость — известие» вроде бы и не совсем тавтология и не так уж критично, но по смыслу похоже.

И даже бежать им некуда. Хейда их не примет, Зеда (-) тем более.

это лучше объединить в одно предложение с использованием двоеточия. И у меня вопрос: а почему им нельзя было спрятаться на Хейде, если хейдаганцы собирались заключать с ними договор и даже отправляли конвой со всем необходимым?

К хасканцам можно даже не соваться, костей не соберешь.

вместо зпт. лучше тире.