в обход них?

тут лучше «в обход их». Или проще — «в обход». И так понятно, кого они собрались обходить.

— плохой расклад, чересчур многовато против одного «Индиго»

это лучше сделать отдельным предложением.

расстановку сил и уточнила — у тебя

двоеточие пропущено. И след. предложение лучше с заглавной буквы.

и после некоторого раздумья высказался:

лучше заменить: проговорил, произнёс…

если мы не начнем действовать, хоть как-нибудь!

зпт. не нужна.

Истребители, минутная готовность, но без команды ничего не предпринимать! — он кивнул связному, — соедините нас.

как вариант:

— Истребители, минутная готовность, но без команды ничего не предпринимать! Соедините нас — кивнул он затем связному.

Марк ничего не ответил, однако отдал приказ:

подчёркнутое лучше заменить чем-то. Например, и приказал (проговорил в комм).

и манеру общения

имхо — это немного неуместно тут.

вытряхивайтесь из корабля или мы сделаем это сами ровно через пять минут.

не смог удержаться, извините. Тут написано так, что буквально можно понять: или вы сами вытряхивайтесь из корабля, или мы вытряхнемся сами. Правильней будет так:

 

"… вытряхивайтесь из корабля, или мы вытряхнем вас сами ровно через пять минут."

Связь тут же прервалась, и он ничего не успел ответить.

имхо лишнее.

но тут же озвучил свои предположения:

слишком сложно сказано. Лучше так: «но тут же предположил:»

в идеале, не поврежденный.

зпт. не нужна, «неповреждённый» слитно.

Марк замер(,) уставившись на один из мониторов и что-то прикидывая в уме.

— Рассчитать скорость и вероятность маневра с нынешних координат до их крейсера, с разворотом на тридцать градусов вверх в пяти километрах перед вражеским кораблем, так(,)

обе зпт., поставленные Вами, не нужны.

— перераспределить энергию щитов: на днище пятьдесят процентов, на борта по двадцать, остальное (-) на корму.

это лучше отдельным абзацем сделать.

а когда поймут, что происходит(,) и начнут двигаться

инженеру, — рассчитайте запуск

двоеточие и с заглавной буквы.

Марк связался с противником и без предисловий, сразу перешел к делу

имхо — лучше бы сделать так:

 

Затем он приказал связаться с противником и сразу перешёл к делу: (а то и вообще без окончания, просто — «затем он приказал связаться с противником» или «затем он связался с противником»).

недоверчиво, возразил собеседник.

зпт. не нужна.

Голос Марка дрогнул, он обреченно ответил

имхо — подчёркнутое не нужно.

«Индиго»(,) быстро набирая скорость,

но тут пропущен момент, когда Марк отдал приказ двигаться и как он его отдал. Получается так, будто движение началось без приказа. Имхо — не мешает вставить хоть пару предложений такого рода.

на немой вопрос связиста Марк покачал головой, однако скомандовал:

это лучше сделать отдельным предложением.

Отборный поток ругани вылился на них,

тут лучше так: На них сразу же вылился отборный поток ругани, затем корабли почти одновременно выстрелили.

Тут лирийные двигатели включились на полную мощность(,) и «Индиго» мгновенно исчез из поля зрения врага, оставив после себя лишь струю белого пламени, обрушившуюся на крейсер.

и лучше тоже поменять местами: На полную мощность включились лирийные двигатели…

все, кто находился на мостике в этот момент,

имхо — лишнее.

наконец, позволила себе улыбнулась Эли

зпт. не нужна.

Никогда бы мне не пришло в голову

лучше так: никогда бы мне в голову не пришло…

Марк, — их крейсер

точка и с заглавной.

— Наш побег (-) удача и чистая случайность

просто повезло, что лирийный двигатель уже был хорошо разогрет.

это лучше сделать отдельным предложением.

а отсрочка — нас будут ждать на обратном пути(,) и там уже подобный трюк не сработает…

вместо тире — двоеточие.

Тот поморщился и убавил звук:

— Хорош вопить, уши закладывает, — ответил он.

как вариант, попробуйте так:

 

— Хорош вопить, уши закладывает, — ответил он, поморщился и убавил звук, потом немного подумал…

жажду ему рыло начистить — он вломился ко мне в дом

вместо тире — двоеточие.

наконец, остановившись

зпт. не нужна.

Он был бледен(,) и ему было до обморока стыдно, что из за его желания быть рядом с ней пострадает хороший и совершенно ни в чем не виноватый человек

но начало лучще сказать по-другому: слишком близко стоят рядом «был», «было».

что вся ее ненависть обрушится на него, и он снова останется совершенно один

зпт. не нужна.

Карен лежа на спине открыла глаза, вокруг тихо и темно.

тут лучше не так:

 

Лежа на спине, Карен открыла глаза. Вокруг — тихо и темно.(или просто: тихо и темно). Или ещё так: Лежащая на спине Карен открыла глаза.

чуть не свалилась на пол, лежанка оказалась узкой.

тут двоеточие вместо зпт.

однако быстро прошло — на ее вопрос никто не ответил.

вместо тире — двоеточие.

Карен терялась в догадках — провалов в памяти после отделения сестры быть не должно(,) и их действительно не было…

и тут тоже двоеточие вместо тире.

Темнота не была кромешной — на металлическом полу была узкая полоса света, нашедшая дорогу из-под края двери.

повтор. И тоже лучше двоеточие вместо тире.

Датчика для того(,) чтобы открыть дверь изнутри(,) тоже нет

значит(,) помещение специально создано для того(,) чтобы держать заключенных(,) либо оно не предполагает(,) что в нем в принципе возможно запереться изнутри.

и тоже вместо тире лучше двоеточие.

маленькое окно с матовым стеклом, значит

а вот тут лучше тире вместо зпт.

А может(,) ее специально держат в темноте, создавая тем самым психологическое давление…

шесть шагов(,) и от двери до окна (-) столько же.

Кроме лежанки(,) она обнаружила

Однако упаковка не была ничем маркирована(,) кроме названия,

однако тут не нужно совсем, а дальше лучше переставить местами: Упаковка ничем не была маркирована…

Кроме того, в противоположном углу от скамьи и лежанки было отверстие в полу, судя по запаху дезинфекции, гигиенического назначения.

и лучше так: В противоположном от скамьи и лежанки углу…

нужно ждать(,) пока станет достаточно светло,

что тут же прибегут охранники(,) но она хотя бы посмотрит на своих тюремщиков.

Маленькая зеркальная пуговка(,) надежно встроенная в стену над дверью.

В том(,) что она есть(,) Карен не сомневалась.

была верна — один из углов был несколько темнее(,) чем другие,

вместо тире лучше двоеточие. И можно ещё так: «один угол был несколько темнее остальных...»

а если внимательно рассмотреть стену, то можно найти пятна — скорее всего(,) следы крови.

тут можно сделать так:

 

… а при внимательном взгляде на стену можно было рассмотреть пятна — скорее всего, следы крови.

 

с пленными силовыми методами(,) и ее похитители подобными методами (явно) пользуются.

пропущено. Или так можно: «и её похитители явно ими пользуются» (а то у Вас повторяется «методами»).

С одной стороны(,) находка ее пугала, с другой (-) она тоже могла бы воспользоваться полученной информацией, только еще не знала(,) как именно…

исправил в тексте.