Кажется, я где-то упоминал, что не буду выискивать запятые?

В этот раз вот решил повылавливать. Не обещаю, что все, но хоть что-то. )

 

Час пик ещё не начался, поэтому сонные люди садились поодаль друг от друга, на противоположные концы сидений, чтобы не мешать друг другу побыть ещё немного в своём уютном мирке перед рабочими буднями, где нужно много улыбаться и говорить, продумывая каждое слово.

Повтор.

И все же, не смотря на небольшое количество людей в вагоне, в воздухе витал запах нори, скорее всего кто-то позавтракал онигири из комбини — круглосуточного магазина, а запах от их хрустящих нори выветривается долго.

Слитно. Двоеточие вместо запятой (обозначение причины).

«А у тебя, что была?»

Здесь запятая должна быть после «что».

Кумида-сенсей, угощая женщин чаем на своей большой, но не очень уютной кухне рассказала, что в прошлом, они вместе с матерью Мичико, подрабатывали написанием статей для желтой прессы, типа Урагути, журналов со сплетнями и разоблачения знаменитостей.

«кухне, рассказала, что в прошлом они, вместе с матерью Мичико, подрабатывали» (насчёт выделения «вместе с ...» запятыми — не уверен)

Сатоко — мать Мичико, начала писать статью о телах, несколько лет назад, найденных в реке Хитобасира.

Можно поставить запятую вместо тире. Лишняя запятая.

При этих словах Кумида-сенсей склонила голову и зажмурилась, мысленно обращаясь к своей закадычной подруге, в каком мире бы она сейчас не находилась.

«Ни»: усиление, не отрицание.

статью Сатоко-тян не дописала. Вдруг срочно собралась в Африку волонтершей

О… Любопытно, что это она вдруг… )

— Кумида-сенсей, — Мичико ухватилась за нить разговора, — а остались ли хоть какие-нибудь записи, того над чем работала моя мама?

«записи того, над чем»

— Сатоко-тян никогда не показывала статью, пока не закончит, — рука в тяжелом браслете потянулась за очередной сигаретой к пачке Мальборо Лайт с ментолом, лежащей на стеклянном столе, но уверена, нарыла она там что-то нехорошее...

Тире пропущено.

Акеми вошла во вкус ношения обычной одежды, сегодня на ней были кроссовки и опять джинсы, заимствованные у Мичико.

ИМХО, уместнее «привыкла к обычной одежде». «Входить во вкус» имеет оттенок «пристраститься», «получать всё больше удовольствия от чего-либо».

Тосико-сан ещё не выписали из госпиталя, и когда вернётся, было неизвестно. И вернётся ли.

Не хватает местоимения: «и когда она вернётся». Плюс последовательность немного не та: смысл размывается. Можно, н.п.: «Тосико-сан ещё не выписали из госпиталя, и было неизвестно, когда она вернётся. И вернётся ли вообще».

бессмысленно таращились в окно вспоминая о чем-то приятном из своего прошлого

Запятая.

Даже пытались играть на деньги, которыми заменяли пробки из под пластиковых бутылок.

«из-под»

Самым «богачом» из игры всегда выходил чересчур активный дедушка Таро.

«Самым богатым» или просто «богачом».

К двенадцати часам дня пришёл Кен, совсем непохожий на себя, замызганный потный, скорее всего забывший свои влажные салфетки дома.

«себя: замызганный, потный, скорее всего, забывший»

Кен никогда не отличался словоохотливостью, а в этот раз выдавливал из себя каждое слово, как из сдувшегося шарика.

Не совсем понимаю суть сравнения. Как из сдувающегося шарика или уже сдувшегося? Если всё же последнее, то, возможно понятнее будет: «как воздух из уже сдувшегося шарика»?

— Что ты принёс? — Мичико же, никогда не отличалась особой мягкостью и деликатностью,

Лишняя запятая.

— Значит так, быстро пошёл переодеваться! Стань уже взрослым в конце концов!

Запятая. «В конце концов» здесь — вводное сочетание.

Она была явно не в духе, и боролась с раздражением.

Лишняя запятая.

Вспомнился кофейный запах от Кумиды-сенсея, её голос, с легкой хрипотцой, рассказывающий о телах, найденных в Хитобасире.

«Её голос с легкой хрипотцой, рассказывающий» или «её голос, с легкой хрипотцой рассказывающий» — в зависимости от акцента.

Но быть осмотрительной и осторожной сегодня совсем не хотелось, много всего произошло за этот промежуток времени. Это была уже не та Акеми.

Можно заменить на «за последнее время», чтобы не повторяться.

За несколько секунд успела отметить красивые глаза, с рыжиной,

Лишняя запятая.

Мужчина почувствовав на себе внимательный взгляд, внутренне подобрался, а внешне просто поерзал на стуле, сцепив руки на коленях закинутых одна на другую, длинных ног.

Да, он был высокого роста, немного угловатый с вытянутым лицом. На вид, лет сорок.

Пропущенные и лишние запятые.

В глазах с рыжиной, вспыхнул еле заметный огонёк, но тут же исчез, задавленный куда-то вглубь.

Не стоит снова повторяться: близко описание, и рыжина ещё не забыта. )

«Запрятанный» — помягче, не так агрессивно звучит.

Подумалось: а вдруг он — тот маньяк, который тела в реке прятал? О_о ))  

— Я зачитывалась вашими романами, по-моему женскую психологию вы понимаете лучше всех мужчин, которых я знаю...

Запятая.

Акеми запнулась. «А кого ты знала, кроме своего мужа, — нашептала ей пустота.

мужа?» —

Ей хотелось сказать что-нибудь подбодряющее, но это было не нужно, он все прочитал в её взгляде.

«Ободряющее», двоеточие вместо запятой.

Пришла полнотелая официантка и пропищав заказ поставила перед Акеми тарелку со спагетти.

«и, пропищав заказ, поставила»

Женщина подождала, когда высокий силуэт перейдёт дорогу и смажется в душном пространстве, затем сама себе удивляясь, пересела за его столик и открыла ноутбук.

Запятая.

Любопытная Акеми. Хе-хе. ))

так как карточку, которую она вытащила у мужа перед уходом ещё не заблокировали. Наверное он о ней даже и не вспомнил.

Словно чёрная дыра, эта пустота поглощала все хороше, чем пыталась её наполнить Рие и требовала ещё.

Запятые, «хорошее».

Вчера Рие дошла до того, что сняла филлипинского парня в одном из клубов и уже готова была идти с ним в лав отель, но вовремя остановилась.

«филиппинского»

Она думала, сейчас прыгнуть или ещё немного подождать..."

«думала: сейчас»

— Вот, пармезан, — улыбаясь Кота протянул пластиковую баночку женщине, — продаётся в любом комбини.

Запятая.