Не смотря на то, что в конце истории

«Несмотря на» — здесь это предлог, поэтому «не» пишется слитно.

мокрые оранжевые мочала, оставляющие грязный след. Этот страшный, не предвещающий ничего хорошего взгляд на грязном лице, он не забыл до сих пор.

Вещи хоть и в плачевном состоянии, удалось вернуть.

Запятая.

Тогда Нацумэ вернулся домой зарёванный, мокрый и попытался рассказать о происшествии встретившему его на пороге дома отцу.

«происшествии встретившему» — много шипящих — тяжеловато читается. Насчёт последнего фрагмента — слишком наворочено (кого-где-чего-кому), попробуйте упростить.

— На смей жаловаться, будь мужчиной, Хироси, — отец бросил на сына красноречивай взгляд, заставивший мальчика замолчать, — умей сам за себя постоять.

«красноречивый»

Он рос в неполной семье с матерью алкоголичкой, которая по слухам, поколачивала сына.

Запятая («по слухам» — вводное слово).

Он умел причинять боль не оставляя синяков.

Вроде, должна быть запятая.

Однажды на перемене к Нацумэ подошёл Така, и сказал, что вся их компания решила оставить Нацумэ в покое.

Лишняя зпт.

Нацумэ сделал так как они сказали.

Зпт.

Он подошёл пожилой женщине сзади, когда та протирала пол в коридоре на втором этаже.

«подошёл к пожилой»

Самая красивая и самая лучшая женщина, которую он когда либо знал.

«когда-либо»

Что касается, речи, с ним занимались самые лучшие учителя, ставящие дикцию артистам Ракуго. Дефект до конца исправить не удалось, Нацумэ всё равно, иногда «гакал», но близкие люди, как и он сам, предпочитали этого не замечать, а новые люди обычно принимали это за манеру речи или какой-нибудь местный диалект.

Лишние зпт. И повтор.

И сейчас каждый вечер любуется закатом с бокалом вина на веранде своей резиденции в Хаконэ.

Мне кажется, этот бокал как-то не на месте. Я бы переместил его и чуть дополнил предложение примерно так: «И сейчас каждый вечер, с бокалом вина в руке, он любуется закатом, сидя на веранде своей резиденции в Хаконэ».

Семейный психолог, слушающий Нацумэ с самого детства сидел напротив в таком же чёрном кожаном кресле, сложив сухие, похожие на птичьи, руки на коленях.

Зпт.

— Что ты чувствуешь сейчас Хироси?

Зпт.

— Это замечательно, Хироси, — психолог говорил тоном наставника с учеником, так сложилось с их самой первой встречи, когда Нацумэ было десять лет, — а что на счёт чувства мести?

Слитно (т.к. предлог).

Немного снисходительно, но не по отношению к старику, которого уважал, скорее это касалось его мучителей из детства.

Зпт (вводное слово).

— Посмотрите на меня, сенсей. Кто сейчас я, а то они.

«кто»

Скорее всего нет.

Зпт (вводное слово).

Они слишком давно вместе.

«знакомы» — уместнее, IMHO.

Кажется от сенсея он его и услышал когда-то.

Зпт (вводное слово).

Нет, Нацумэ никого не забыл и ничего не простил. Все эти годы он следил за жизнью бывших мучителей и расправлялся с ними по очереди, не гнушаясь даже самых грязных способов.

Ого… О_о Злопамятный какой. ))

Полиции на составило большого труда найти Таку по отпечаткам пальцев на окровавленной бейсбольной бите, выброшенной неподалёку.

«не»

С остальными его одноклассниками расправится было не слишком сложно, кого-то Нацумэ вогнал в долги, кого-то разорил.

Вроде, двоеточие вместо зпт.

Как раз, приближались выборы, и на каждом заборе висели плакаты с фотографиями кандидатов в мэры города, на площадях велась активная агитация с раздачей салфеток или мелких подарков на которых красовались честные, исполненные преданностью народу портреты политиков и их девизы, типа «Поднимем наш город вместе!»

Лишняя и пропущенная зпт.

Насчёт «типа»: в данном случае слово звучит как сленговое (''типа крутой, да?'')) Оно более уместно в случаях: отель типа пансионата, машина типа танка (т.е. подобен по типу, типажу). А здесь лучше заменить синонимом: вроде, наподобие.

Он был не в первых рядах, и мэром города ему стать всё равно не светило, хоть и давало много возможностей, плюс узнавание в массах. Нацумэ увидел в этом возможность нанести удар именно сейчас, когда политик у всех на виду.

— Как лучше? Муравей ползущий по ветке или муха попавшаяся в сети паука? — спросил Нацумэ, когда они уже сидели в машине.

«Муравей, ползущий по ветке, или муха, попавшаяся в сети паука» (зпт при деепричастных оборотах).

— А что с муравьём потом случилось? — невозмутимо спросил Юдзи.

) Продуманный какой. ))

В смоле, цвета мёда

Вроде, зпт лишняя.