Надо же, вон куда туманную воронку поставили, совсем рядом с рекой.

Надо же — вон куда туманную воронку поставили, совсем рядом с рекой.

Наверняка, квартира стоит запертой уже тринадцать лет.

Наверняка не путай с наверное — это не вводное слово, никогда не выделяется запятыми.

Со вздохом сунула флакончик на место и заглянула в маленькую уютную, но очень пыльную кухню.

Зпт: Со вздохом сунула флакончик на место и заглянула в маленькую, уютную, но очень пыльную кухню.

— Я же говорил, что пригодится! А некоторые нунукали, понимаешь!

Лучше ну-нукали.

Очнулись мы от звона тарелок — Света деловито вынула их из посудного шкафчика и принялась протирать чистым вафельным полотенцем.

Точечки вместо тире

И, только сейчас, отрезав все пути к отступлению, по-настоящему испугалась:

Зпт не нужна после «и» в начале предложения: И только сейчас, отрезав все пути к отступлению, по-настоящему испугалась:

Безотчётно оглядываясь по сторонам, я вижу их издалека — тёмные огромные птицы стремительно приближаются.

«вижу» — поэтому никуда не денешься: точечки, а не тире

Но долго не выдерживаю — папа там, снаружи, против злых птиц совсем один!

Точечки вместо тире

Я съёживаюсь на полу машины, чем меньше я стану, тем безопаснее…

Я съёживаюсь на полу машины: чем меньше я стану, тем безопаснее…

Первое слово, пришедшее мне в голову, было «панк». Второе — «гот». Потом «эмо».

Так и тут тоже тире нужно: Потом — «эмо».

Кощей же не дурачок, после нескольких покушений он ту иголку изловчился спрятать в корзинке для рукоделия матушки Макоши.

Кощей же не дурачок: после нескольких покушений он ту иголку изловчился спрятать в корзинке для рукоделия матушки Макоши.