Когда-то до того, как в нем укрылись с полсотни тех, кто не мог сражаться.

Переместить зпт: Когда-то, до того как в нем укрылись с полсотни тех, кто не мог сражаться.

Кажется, она попала в колокольню.

Говорят — на колокольню.

Поднималась она долго. Она дважды сбилась со счета, пока, наконец, уперлась ладонью в крышку люка

Во втором предложении можно убрать «она», чтобы избежать повторов: Поднималась она долго. Дважды сбилась со счета, пока, наконец, уперлась ладонью в крышку люка

— Ну, все! Идем к тебе в комнату! Я не буду сидеть над твоими уроками до полуночи.

Ну всё! — здесь зпт не нужна — частица ну нужна для усиления.

Когда они познакомились, Ефрему и Татьяне было по 21 году, а Вере стукнуло 2 года.

В художественной литературе не приветствуется написание чисел цифрами. Поэтому: Когда они познакомились, Ефрему и Татьяне было по двадцать одному году, а Вере стукнуло два года.

«Вы просто отвыкли терять кого-то» — сказал ему Винцентий в день, когда хоронили Ефрема.

Запятая после прямой речи: «Вы просто отвыкли терять кого-то», — сказал ему Винцентий в день, когда хоронили Ефрема.

Андрей, молча, вышел в коридор, поправил у зеркала воротник пальто и волосы, спадавшие на глаза.

Здесь «молча» не причастие, запятые не нужны.

Он помнил, как писал фальшивое письмо почерком Винсента в то время, как его тело горело вместе с квартирой Наташи…

С этим нужно что-то сделать. Или он письмо пишет до того, как горит или — после. Как можно писать письмо, одновременно сгорая?

На какое-то время его безумие отступило, но какой ценой?

Тут два варианта: На какое-то время его безумие отступило, но какой ценой! Или: На какое-то время его безумие отступило. Но какой ценой?

А может из густой черной тени в арке?

После А может — зпт

Еще не растерявшие листву деревья удачно скрывали лавку для вида из окон, но со стороны арки Андрей видел их как на ладони.

Говорят: вид на лавку из окон.