Сначала я упорно сражался с травой, а когда устал до того, что рук не мог поднять, сел в охапку скошенной полыни.

Ир, в охапку сесть невозможно. Охапка — это то, что у тебя в руках. Можно сгрести кого-нибудь в охапку и прижать к себе. Можно дать охапку чего-либо. Но не сесть. Лучше всего — «сел прямо на скошенную полынь» или «сел на кучу скошенной полыни».

Но мне вдруг подумалось

— вместо запятой лучше всего поставить двоеточие. Это — не перечисление мыслей, а констатация одной.

А сама фраза — Но мне вдруг подумалось, какой странный итог моего труда. Всего лишь изменение запаха. — это супер. Мне очень нравится. Вроде и такое простое наблюдение, а из тех, которые никогда просто так в голову не приходят.

Снаружи не воруют и уже полсотни лет нет войн.

Здесь перед «и» обязательна запятая. Тут две грамматические основы, они разделяются.

Ещё: слово «значит» (примеры кидать не буду) выделяется на письме запятыми. Это — вводное слово.

Обернулся — в дверях стоит мальчишка и смотрит на меня. В нем точно нет ничего от недавнего игривого щенка.

Он же уже не мальчишка. В прошлой главе ты описывала его как мужика с пиратским лицом. Ладно, пусть не мужик — но подросток точно. Может, тут уже «мальчишку» имеет смысл менять? Хотя бы на нейтрального «новичка» — он-то для героя всё равно остался новичком — чтоб каждый раз его возраст не отслеживать.

Самые старые просто спускаются в цокольный этаж и оттуда исчезают, (оставив на стене очередное имя или надпись, «расписавшись»)

— я взял в скобки то, что дублирует друг друга. В первой главе ты уже об этом говорила, здесь можно оставить что-то одно — или расписавшись, или оставив на стене. Но два подряд… как-то дюже чересчур.

Даже когда я порвал наши странные отношения...

самый непонятный для меня момент. По-моему, была только попытка что-то наладить — дружбу ли или нечто больше (если герой мечтал о том, чтоб она исчезла, какие могут быть с его стороны ответные шаги?). Откуда взялись отношения? И почему они всё продолжались и продолжались, если герой их разорвал?