допрашивая(,) куда и зачем они летят.

На Амалькаре ей побывать ни разу не довелось.

тут лучше так: «На Амалькаре ей бывать ни разу не приходилось». Или ещё вариант: «Ей ни разу не приходилось бывать на Амалькаре». У Вас сказано так, будто ей до самой смерти не придётся побывать на Амалькаре, но ведь в этой-то главе она там побывает.

В общем-то(,) не особо интересовала ее эта планета.

Собственно(,) поэтому и стоит кордон на границе.

Всего три больших озера на всю планету и немного рек.

«немного» лучше заменить на «несколько», а вместо «и» употребить зпт.

ну(,) славяне, ну(,) не хотят вступать в Альянс, отчего тот обиделся на них и со своей стороны ввел экономическую блокаду, отказавшись торговать с ней.

Городок на берегу океана, в северном полушарии планеты.

имхо — лучше немного переделать. Как вариант, можно так: «Ею оказался городок на берегу океана в северном полушарии планеты». Зпт. не нужна.

Марк вышел следом, и накинул ей на плечи свой форменный китель

зпт. не нужна.

Привыкла, что везде, где оказывалась(,) примерно одинаковый комфортный климат

и лучше объединить со следующим предложением.

А вот Костолиц подготовился и взял себе теплую одежду:

имхо — лишнее: и так понятно, к чему он подготовился. Двоеточие точно не нужно.

застегивая кутку

буква пропущена: куРтку.

а уж потом (-) Костолиц.

Через два часа Костолиц все еще не вернулся.

почему она начала волноваться именно через два часа? Он ни о каком конкретном сроке ей не говорил (может, в более ранней версии это было?) Немного невнятная фраза, которую не мешает переделать. Или же добавить в его слова выше упоминание про пару часов.

Хотя, нет. Сначала явился запах алкоголя, а уж потом Костолиц.

вот это лучше сделать одним предложением, объединив двоеточием. После «хотя» зпт. не нужна.

Это слишком давно(,) и никого(,) похожего на Айн

Не нравится, в следующий раз иди сама

вместо зпт. лучше тире.

Он вынул из кармана куртки початую бутылку, запихнул куртку на полку и сел в кресло пилота. Откупорив бутылку, он сделал несколько глотков из горлышка и поморщился. Откинувшись в кресле и сложив ноги на приборной панели, он уткнулся взглядом в потолок и как будто выдохнул с облегчением.

с этим абзацем не мешает поработать: в каждом предложении «он». Слишком часто повторяется.

Она собралась разразиться гневной тирадой на тему тупых солдафонов-алкоголиков(,) но…

А она ему и в самом деле никто, чтобы заботиться о его моральном облике. Потому (Эли) прикусила язычок и сказала лишь

явно пропущено. И попробуйте без подчёркнутого: может, лучше будет?

А на счет моего состояния…

подчёркнутое слитно.

Информация (-) тоже товар.

На окраине поселка высилась, огромная горнодобывающая машина.

зпт. не нужна.

словно странный памятник,

по идее, тут в конце точка, а не зпт.

Ржавая водокачка и клубки перекати-поля дополняли картину.

туцт лучше переставить местами: Дополняли картину ржавая водокачка…

дышал глубже(,) чем обычно,

а теперь неопределенного грязно-серого цвета(,) стоял человек в мед униформе и курил.

подчёркнутое слитно.

Болезненно худой(,) с желтоватым лицом и ввалившимися глазами, он следил за тем, как они подходят к нему.

После одной из затяжек он сильно закашлялся и сплюнул на пол кровавую слюну.

ну не на пол: он же не в доме находится, а снаружи.

как на нее смотрит этот человек — пристально и вызывающе.

тут лучше всё же смотрел. И можно тоже переставить местами: как этот человек на неё смотрел…

отвел в подальше и тихо сказал:

опечатка.

Он видел Айн. Но где она, он не скажет, пока мы ему не заплатим.

это можно сделать одним предложением, чтобы убрать повтор «он»: Он видел Айн, но где она, не скажет, пока мы ему не заплатим.

В конечном итоге, они сумели договориться.

зпт. не нужна.

— Он(,) наверное(,) на смене.

При желании можно легко попасть внутрь и поискать следы Айн. Но лучше все же дождаться хозяина.

это фокал Эли? А нужен ли он тут? Не проще ли сделать обычными авторскими словами?

— Предположил Марк.

с маленькой буквы.

Марк не успел договорить

тут лучше заменить имя на «Он».

из-за угла барака лихо вывернул велолет и резко остановился, подняв облако пыли.

это лучше сделать отдельным предложением.

Парень тут же развернулся, и поехал прочь.

зпт. не нужна.

— Ты же видел Айн…

разве она называла им своё имя? И не естественней было бы Марку, задавая вопрос, не упоминать имя, а просто назвать её девушкой? И там дальше, в диалоге, тоже имя всплывает. Но, по-моему, они её по имени не знали.

произнес Марк.

тут лучше тоже «он».

Придя в себя, парень, испуганно озираясь, дернулся. Но Костолиц его крепко придавил к земле.

как вариант, можно сделать так (будет — имхо — более гармонично):

 

Придя в себя, парень испуганно заозирался и дернулся, но Костолиц крепко придавил его к земле.

 

если ты обещаешь, что не сбежишь(,) и ответишь на наши вопросы.

Парень открыл навигатор, давно устаревшего комма, и показал место.

обе зпт. не нужны.

— Я справляюсь. — Процедил он сквозь зубы

зпт. и с маленькой буквы.

Вопрос только(,) в чем она состоит.

Эли решилась спросить:

— Марк, тебе плохо? — Тот лишь качнул головой в ответ. — Но я же вижу, что-то не так!

можно сделать так:

 

— Марк, тебе плохо? — решилась спросить Эли. Тот лишь качнул головой в ответ. — Но я же вижу, что-то не так!

 

Могла бы и догадаться. Костолиц всю жизнь провел в замкнутых пространствах кораблей и станций.

это лучше сделать одним предложением, употребив двоеточие.

У большинства таких(,) как он(,) подобная фобия.

Состоящий из трех десятков беспорядочно стоящих строений, он выглядел пустым и заброшенным. Строения старые: краска облупилась, а пластик выцвел или пожелтел и покрылся трещинами.

смотрю я на второе предложение и думаю: это тоже фокал Эли? Но нужен ли он на одно-то предложение? Не лучше ли сделать так:

 

Состоящий из трех десятков беспорядочно стоящих строений, он выглядел пустым и заброшенным. На многих зданиях облупилась краска, а пластик выцвел или пожелтел и покрылся трещинами.

 

И два подряд причастия на «щ» тоже не очень хорошо смотрятся. Если можно, имеет смысл их как-нибудь заменить.